最寄駅、京王井の頭線・JR中央線「吉祥寺」。東京都武蔵野市三鷹市(分園)。井の頭恩賜公園の北西部の御殿山と呼ばれる区域にあり、動物園・北村西望彫刻館などで構成されている(開園は1942年)。このうち動物園には、トラやライオンなどのいわゆる猛獣はおらず、主に草食動物や小動物が飼育されており、同じく東京都立の上野動物園や多摩動物公園とくらべれば小規模のためどこか身近な雰囲気がある。なかでも戦後タイから贈られたアジアゾウのはな子(戦後来日した初めてのソウでもある)は、2006年に満60歳を迎えたがいまなお同園の人気者だ。
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また、2007年からは、長崎県対馬にのみ生息する国の天然記念物・ツシマヤマネコが公開されている。この本園のほか、井の頭池のほとりに水鳥や水生物を飼育する分園がある。北村西望彫刻館は自然文化園の奥にあり、彫刻家・北村西望(1884〜1987)の作品を展示するA館・B館・アトリエ館のほか、周囲の雑木林にも作品が設置されている。西望は1953年に同園の土地を東京都から借りてアトリエを建設、長崎市の平和祈念像(1955年完成)などを制作した。